Может ли организация включить в расходы стоимость аренды склада

Да, может.

Согласно п.1 (4) статьи 346.16 НК РФ, налогоплательщик, применяющий УСН, при определении базы налогообложения уменьшает доходы на сумму расходов по арендным платежам за арендуемое имущество (в т. ч. лизинговым).

Склад, который ваша организация арендует, является арендуемым имуществом.

Разумеется, при этом расходы должны отвечать общепринятым критериям их признания:

• экономическая обоснованность,
• документальное подтверждение,
• направленность на получение доходов (см. ст.252 НК РФ).

Полагаю, договор об аренде и платежные документы, подтверждающие факт осуществления платежей, у вас имеются.